일단 세법 내용을 보면(조세특례제한법 제106조) 다음의 건설 용역비 지급시에는 부가가치세를 지급하지 않도록 부가세 면제 규정을 두고 있습니다.

첫째, 전기공사, 소방, 건축 등의 관련법에 따라 등록을 한 자에게 지급하는 국민주택규모 이하의 주택 공사비일 것.

둘째, 건축사, 기술사 등 관련법에 의해 등록(신고)한자에게 지급하는 국민주택규모 이하의 주택 설계용역비일 것.

즉 국민주택규모 이하 주택에 대한 제공사비와 설계비만 부가세를 면제 받을 수 있습니다.

따라서 국민주택규모를 초과하는 공사비와 설계비는 부가세 과세 대상으로써 부가세 10%를 별도로 지급해야 합니다.

다만 위의 공사비와 설계비가 아닌 기타 용역비 등 제사업비는 국민주택규모 이하의 경우라도 부가세 과세 대상입니다.

예를 들어 25평형으로 신축하는 경우 설계비와 시공사 등 공사비는 부가세를 별도로 지급할 필요가 없으나, 정비사업전문관리업자나 감정평가·세무용역비 등 대부분 비용은 주택규모와 상관없이 부가세를 부담해야 합니다.

결국 다툼은 여기에서 나왔습니다. 국민주택을 입주하는 조합원은 시공사 공사비나 건축설계비 등 이 두 가지의 비용에는 조합에서 부가세를 부담하지 아니하였을 것이므로 이에 해당하는 부가세만큼은 다른 큰 평수(25.7평 초과)를 분양 받는 조합원보다 부담금이 작아야 한다고 주장하는 것입니다.

즉 평당 공사비, 설계비가 주택규모에 따라 다르므로 비용부담을 다르게 하는 것이 공평하다고 보는 것입니다.