지방세법에 의하면, 재개발사업의 대상이 되는 부동산의 소유자가 관리처분계획에 의해 취득하는 토지 및 건축물에 대하여는 취득세를 부과하지 않는다. 다만 새로 취득하는 부동산의 가액이 종전 부동산의 가액을 초과해 청산금을 부담하는 경우 그 청산금 부분은 취득세의 과세대상이 된다.
이는 재개발사업 등이 ‘도시정비법’에 의한 관리처분계획의 인가 및 이에 따른 이전고시 등의 절차를 거쳐 신축주택 등을 조합원에게 분양한 경우 신축주택 등에 관한 권리는 종전주택 등에 관한 권리가 동일성을 유지하면서 교환·변경돼 공용환권된 것이지만, 청산금 부분은 종전주택 등의 가액보다 증가된 재산의 취득이라는 실질을 가지는 것이므로 그에 대해서만 취득세를 부과하고자 하는 것이다.
또한 지방세법은 도시정비법에 의한 재건축조합이 당해 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산은 그 조합원이 취득한 것으로 본다고 하고, 도시정비법 제55조 제2항은 신축 주택을 환지로 보도록 함으로써 신축주택에 대하여는 조합원 명의로 소유권보존등기를 하게 되고 조합은 조합원 분양분 주택에 대해서는 취득세를 부담하지 아니하는 것으로 정하고 있기도 하다.
한편 지방세법 경감조항은 ‘유상거래를 원인으로 취득하는 주택’에 대하여는 그 취득세의 100분의 50을 경감하도록 규정하고 있다. 이는 부동산 실거래가 신고제도가 시행됨에 따라 거래세 부담이 가중되고 주택에 대한 보유세가 증가한 데 대한 보완방안으로 거래세의 부담을 완화함으로써 국민의 주거안정 지원과 주택거래 활성화를 도모하려는 취지에서 도입된 것이다. 따라서 이는 재산을 ‘유상’으로 취득하였을 뿐 아니라 ‘거래’를 원인으로 취득한 경우에 해당해야만 적용된다 할 것이다.
위와 같은 각 법령 규정의 입법 취지와 청산금의 성격 등을 종합해 보면, 재개발사업 등에 의한 조합원의 신축주택 취득은 ‘거래’를 원인으로 하는 주택의 취득이라고 볼 수 없고 조합원이 신축주택을 취득하면서 청산금을 부담했다고 하여 달리 볼 수도 없다. 따라서 재개발사업 등에 의해 신축주택 등을 취득한 조합원이 부담하는 청산금에 대한 취득세에 대해서는 경감조항이 적용될 수 없다고 보아야 한다.
그러다면 법인세는 어떠할까. 통상 비영리법인에 법인세를 부과할 수 있는지 여부는 비영리법인인 정비사업조합에 수익사업으로 인한 사업소득이 발생했는지를 기준으로 판단한다. 조합은 조합원들로부터 토지 또는 자금을 출자받아 주택을 건축하고 이를 조합원들에게 분양함으로써 조합원의 주거안정 및 주거수준의 향상을 도모하는 것을 그 사업목적으로 하고 있고, 통상 조합원 개개인이 자기의 토지나 주택을 출자하고 조합원은 조합원에게 1세대씩 분양할 아파트 외에 여분의 아파트와 상가 등을 건축해 일반분양한 다음 그 대금으로 건축비를 일부 충당함으로써 각 조합원이 부담할 건축비를 경감하는 방식으로 재건축사업이 이루어진다.
이 때문에 조합에 사업소득이 발생했는지 여부에 대해 여분의 아파트 등에 대한 일반분양 수입대금 뿐만 아니라 조합원들이 취득하게 될 아파트의 가액까지 포함해 계산한 수입과 공사비, 출자한 토지원가, 추가분담금 등 전체 지출비용을 대조해 판단해야 한다는 견해가 있다. 그러나 조합원들이 취득하게 될 아파트의 가액이나 조합원분담금은 비영리법인의 본래 목적 사업이고 이와 관련된 비용으로 보아야 한다. 다른 시각에서 보면, 조합원분담금은 현물출자가 아닌 현금출자 내지 자금출자 성격이기 때문이다.
따라서 조합에 일반분양과 관련해 소득이 발생했는지 여부는 일반분양대금 등에서 일반분양분 토지지분의 장부가액과 그 공사비 등을 공제한 금액 상당의 소득만이 기준이 된다고 보아야 한다. 그리고 그렇게 발생한 소득은 조합이 조합원들에게 아파트를 분양하는 과정을 통해 분배됐다고 보는 것이 맞다.
마지막으로 지분제 방식의 사업인 경우 일반분양분 수입이 모두 시공사에 귀속되므로 이와 같은 소득에 대한 법인세 부과가 실질과세원칙에 위배되는 것 아닌가 하는 의문이 들 수 있다. 그러나 지분제 또는 도급제의 공사계약 방식은, 조합이 사업을 시행함에 있어 그 공사대금의 충당을 어떤 방식으로 하느냐의 선택의 문제일 뿐이다. 조합이 지분제 공사계약방식을 채택한 결과 비록 조합이 시공사에 대한 공사비로 일반분양대금 전액을 지출해 일반 아파트 분양과 관련해 소득이 없는 것처럼 보인다 할지라도, 이는 조합과 시공사간에 약정에 따른 공사비에 관한 내부자금 지출방식에 의한 것으로 조합의 정비사업 중 일반아파트 관련부분만을 따로 떼어내어 정산한 결과에 불과하다.
결국 지분제 도급제 공사계약 불문하고 법인세 부과여부는 일반분양분이 얼마만큼 일반분양분 공사비에 충당되었는지 여부만을 기준으로 판단해야 한다.
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